В 1617-1625 году построен сегодняшний каменный, в стиле ренессанса костел Св. Апостолов Петра и Павла. 28 мая 1997 г. Папой Римским Иоанном Павлом II основано Шяуляйское епископство. Костел стала кафедрой Св. Апостолов Петра и Павла. На южной стене здания в 1625 г. установлены одни из старейших солнечных часов в Литве.Шяуляйская кафедра Св. Апостолов Петра и Павла видна издалека, проезжая по всем в Шяуляй ведущим дорогам.

Костел в стиле неовизантийского, с пристройками и двумя башнями. Российская администрация в 1908 г. построила большую каменную православную церковь для горнизона Шяуляйской армии. После окончания Первой мировой войны и отступления Российской армии из Литвы церковь осталась неиспользуемой. Здание для католиков применил первый настоятель нового прихода Св. Георгия Юстинас Лапис. Костел в 1919 г. освящен, в 1923 г. закончено оборудование.

В Шяуляй в 1930 г. Обосновалась иезуитская миссия. По заботе ксендза Бенедиктаса Андрушки (первого ректора) в 1936 г. построена каменная оратория. Весной 1948 г. ксендз Антанас Шяшкявичюс сослан, костел закрыт. После закрытия костела в нем оборудован склад, позже спортивный зал. 1986 г. По заботе тогдашней городской власти получено финансирование и начата реставрация костела. В 1989 г. в нем состоялся фестиваль церковной музыки. В 1990 г. костел возвращен верующим и 23-ого декабря освящен.